Ich hatte die Fritzbox auch schon als DNS2 gesetzt und 9.9.9.9 als DNS1. Das machte keinen Unterschied. Ich hatte dazu auch das Logfile beobachtet und festgestellt, dass Pi-hole offenbar die DNS-Requests an beide DNS Server gleichzeitig schickt und das erste Ergebnis verwertet. So war zumindest damals meine Beobachtung, ist aber auch schon ein paar Tage her.
Wer mit dem Pi-Hole nicht nur lästige Werbeeinblendungen filtern möchte, sondern auch Wert auf Privatsphäre legt, sollte auf freie DNS-Server setzen die in dem Ruf stehen DNS-Anfragen nicht auszuwerten.
Ansonsten gebe ich dir Recht: Freie DNS-Server sind zu bevorzugen. Evtl. stelle ich das auch nochmal um. Ich hatte damit mal kurzzeitig Probleme und bin dann seitdem einfach bei meinem funktionierenden Setup geblieben.