Wenn du schon keine Möglichkeit hast, die Disk am PC zu formatieren, dann könntest du auch eine neue (oder bereits am PC formatierte) Disk anstelle der jetzt eingebauten verwenden.
Die Disk müssen auf alle Fälle raus, da das NAS das Betriebssystem von den Platten liest und einen eventuellen Trojaner wieder aktiviert.
Alte Disk's raus, neue rein, NAS neu aufsetzen und MalwareRemover starten.
Die alten darfst du dann aber nicht mehr einsetzen, biss dass sie gelöscht wurden … es ginge möglicherweise auch, dass du sie dann im NAS formatieren lässt. Ich würde das aber nicht machen, da ist mir das Risiko zu groß, dass ein Virus/Trojaner wieder mit reinschlüpft.