Nichts desto trotz darf aber ein Update sowas nicht machen.
Ich glaube auch nicht daran dass es damit zusammenhängt, denn QTS Updates berühren Dein BIOS etc. nicht, ergo hättest Du entsprechende Ausgaben am Monitor. Auch wenn es ein dämlicher Zufall zu sein scheint, sieht das eher nach einem Hardwaredefekt aus.
Für den angesprochenen Defekt (Intel Clock Bug) - sollte es sich bei Dir darum handeln - kann QNAP selbst nichts, wenn auch der Umgang seitens QNAP damit nicht der schönste Weg ist.
Du hast Dir jetzt wieder eine 253 pro zugelegt? Was ist in der Systemsteuerung als CPU angegeben?