Oh, beide LANs am gleichen Switch ist schlecht, wenn Dein Switch kein Port-Trunking unterstützt. Bitte nur einen LAN Anschluss an den Switch anschließen.
Jumboframes vergiss mal, die funktionieren unter 3.2.5 nicht richtig, brauchst Du aber bei einem ATOM basierten NAS auch nicht wirklich.
Nun, jedes Filesystem ist nicht so performant, wenn man viele kleine Dateien kopiert, da hier ein erhöhter Overhead (durch das Anlegen der Dateien im Filesystem) entsteht. Das ist bei NTFS nicht anders.
Mach Deinen Performance-Test bitte mit einer großen Datei, also >= 1GByte.
Cheers,
Zap