Ich habe auch eine TS-109 mit der aktuellen Firmware, ProFTPD hat die Version 1.3.1rc2 .
Habe "FTP mit SSL/TLS (explizit)" alleine aktiviert und nutze den Filezilla V 3.2.6.1
und konnte ohne Probleme eine 1,5 GB-Datei auf das NAS heraufladen.
Im Filezilla ist auch TLS/SSL aktiv.
Bist du dir sicher, das es nicht an etwas anderem liegt ?