Da die Daten ja scheinbar wichtig sind, hättest du schon längst ein Backup davon haben müssen... Also ja, definitiv sichern, aber die gehen nicht verloren wenn die VS deinstalliert wird.
Das reine deinstallieren wird aber nicht viel nützen, es müssen dann noch manuell die verbleibenden Daten gelöscht werden. Ich weiß aber nicht mehr genau wo diese liegen, das wurde im forum mal von Crazyhorse beschrieben...