Versuch mal den Command "ffmpeg" (http://linux.die.net/man/1/ffmpeg). Ich weiß zwar gerade nicht, welche Codecs auf einem QNAP so verfügbar sind, doch ein Versuch ist es wahrscheinlich wert.
Die Multimedia Station (MSV2) nutzt ffmpeg um Videos nach FLV zu konvertieren, damit man sie übers Web besser streamen kann...
Chris
P.S.: Wenn du Optware installiert hast, versuchs mal "ipkg list | grep mkv". Da gibts ein Paket und die Beschreibung sagt: "mkvtoolnix - 4.2.0-1 - A set of tools to create, alter and inspect Matroska files" Vielleicht ist das ja was für dich...
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