Vermutlich sind das dann nicht nur tausende kleiner Dateien, sondern millionen. Und das kann dann dauern. Viele Netzwerkprotokolle haben bei einer großen Anzahl von Dateien Performanceprobleme.
Oftmals ist es deutlich schneller, wenn man nicht viele kleine Dateien einzeln überträgt, sondern diese in ein Zip-File verpackt, das Zip überträgt und auf dem Zielsystem entpackt. Ob das bei dir eine Alternative ist, hängt davon ab, wie deine Dateien organisiert sind (z. B. ob die vielen kleinen Dateien in anderen Verzeichnissen als die Großen sind). Du brauchst dann Skripte zum automatischen Packen und Entpacken. Außerdem wird dann der Speicherplatz doppelt belegt - das willst du bei den großen Dateien lieber nicht haben.
Eine Alternative ist, zumindest ein Versuch, auf deinem Quell-NAS keinen HBS-Job laufen zu lassen, sondern das Verzeichnis mit den Dateien wird freigegeben. Das Ziel-NAS mountet sich diese Freigabe, und dort läuft dann ein lokaler Backup-Job, der von der gemounteten Freigabe auf eine lokale Platte kopiert. Dann müssen die vielen kleinen Dateien über das Netzwerk nicht geschrieben sondern nur gelesen werden. Ob es etwas bringt, weiß ich nicht.
Ach ja, noch was, sollte eigentlich vor allen anderen Versuchen gemacht werden: Schau mal nach, ob beim Synchronisierungsauftrag unter Regeln "Dateiinhalte prüfen" angeklickt ist oder nicht. Die Auswirkungen auf die Permormance sind drastisch.