Wenn es direkt angeschlossene Platten sind, werden die auch weiterhin benutzt auch wenn es welche mit HFS+-Dateisystem sind.
Neu zu Time Machine hinzugefügte,0 direkt angeschlossene Platten, werden automatisch in APFS konvertiert und sind dann auch nur noch für Time Machine nutzbar. Außer man erstellt sich ein weiteres Volume neben dem Time Machine Volume.
Neu angelegte Time Machine Backups auf einem NAS bestehen aus einer sparsebundle-Datei, die intern ein APFS Dateisystem enthält.
Die eigentliche Festplatte im NAS wird natürlich nicht mit einem anderen Dateisystem versehen als das, was das NAS benutzt. Dort kommt der Mac auch gar nicht heran, da er ja nur per SMB irgendwelche Blöcke sieht und nicht das Dateisystem vom NAS.
Was mit älteren Time Machine Backups passiert, die in der sparsebundle-Datei noch ein HFS+ Dateisystem haben, kann ich nicht sagen.