Wenn du Festplatten drin hast, die nicht so heiß werden (beispielsweise welche 5400 U/min), dann stecke einfach ein passendes Adapterkabel zwischen Board und Lüfter-Anschlußkabel.
Eins, das beispielsweise die 12 V auf 7 V reduziert.
Dadurch läuft der Lüfter dann erheblich langsamer und damit erheblich leiser.
Und schaue dir anfangs auch die mal CPU-Temperatur an (die sollte auch nach längerem Laufen dann nicht über den Spezifikationen liegen).