Es scheint ja auch eine gewisse CPU-Last zu entstehen, ermittel mal die Prozesse übers terminal (zB ssh) mit htop, top, ps, ...
Zudem kannst du dir hier genanntes Skript mal aufs NAS ziehen und ausführen:
https://wiki.qnap.com/wiki/Fin…hard_drives_from_spindown
Ich hatte ein ähnliches Phänomen, musste einiges ausprobieren, plötzlich war Ruhe, die genaue Ursache blieb mir verborgen.