Mit QSync kannst du das natürlich nicht machen, weil QSync immer deine Ordner sowohl auf deinen PC als auch auf deiner NAS Syncron halten will.
Somit würde auf deinen PC in allen 3 Ordner die selben Dateien liegen.
Mit NetBak könnte man es machen, jedoch ist das dann nicht mehr so "aktuell" und auch bei größeren Datenmengen prüft er alle Daten ob die auf der NAS sind. (bei mir sind das knapp 1TB welche er dann Wöchentlich prüfen müsste, was ich aber nicht will. Somit habe ich es bei mir mit QSync musste dafür aber meine Struktur am PC ändern wegen den fehlenden Möglichkeiten auf Unterordner auf der NAS)