Nachdem ich herausgefunden habe, dass man die HDD mittels GUID-Partitionstabelle (GPT) einrichten muss, konnte ich die HDD mit einer 3 TB Partition unter Ubuntu 10.10 einrichten. Das NAS scheint mit der Festplatte umgehen zu können sie wird erkannt und das Backup konnte gestartet werden. Hier mal der Status nachdem ich das Backup gestartet hatte (deshalb ist weniger Speicherplatz vorhanden).
Hersteller: WD
Modell: My Book 1130
Gerätetyp: USB 2.0
Gesamt/Frei: 2794.49 GB / 2609.39 GB
Dateisystem: EXT 3
Status: Bereit
Die Geschwindigkeit ist anscheinend auch nicht schneller als mit NTFS und es stehen sogar ca. 100 GB weniger Platz zur Verfügung aber ich belasse es jetzt bei EXT3, da das NAS damit hoffentlich besser zurecht kommt als mit NTFS und so vielleicht eventuellen Fehlern vorgebeugt werden kann.
Nachtrag: Die Geschwindigkeit scheint doch um ca. 2-3 MB/s zugelegt zu haben gegenüber NTFS.