Mein erster Gedanke und meine erste Frage: die eingesetzten Festplatten stehen auf der offiziellen Liste von QNAP und sind für dieses NAS freigegeben?
Wenn das Firmwareupdate auf Version 3.8.1 offensichtlich schon schief gelaufen ist (warum auch immer, evtl. ein Problem mit den Festplatten oder dem Dateisystem), käme ich nicht im entferntesten auf die Idee, das ein Upgrade auf Version 3.8.2 die kaputte Installation der 3.8.1 "irgendwie repariert".
Wenn ein Dienstleister so etwas bei mir abliefern würde, wäre er für immer mein Dienstleister gewesen!
Dies war Dein Fehler, nicht der von QNAP!
Mir fehlt bei Deiner Schilderung der selbstkritische Anteil!
Mein Tip:
Festplatten Frage klären
NAS initialisieren, aktuelle Firmware sauber aufspielen und NAS neu konfigurieren.
Intensiv Testen ob ggfls. ein Hardwaredefekt vorliegt, da dieses Verhalten ungewöhnlich ist und erst dann:
Backup zurück spielen.