und erst dann die HDDs einstecke und komplett neu einrichte?
Egal wann du die HDD einsteckst, bei der Initialisierung wird immer als erstes eine Kopie des Betriebssystems darauf angelegt. Das Betriebssystem ist immer ein RAID1 über alle initialisierten Platten (HDD und SSD).
Man kann über Konsole nachträglich wieder Platten aus diesem RAID entfernen. In den oben verlinkten Threads wirst du auch Hinweise finden, wie man das macht. Ist aber schon eher eine Bastellösung und nur für Leute, die sich mit der Linux-Konsole auskennen.