Ich habe auch seit ca 6-8 Wochen das gleich Problem. Das mit dem Export und Import der VM hatte ich auch probiert und es funktionierte bei mir auch. Allerdings ist das keine Lösung. Beim Import erhält die VM zwangsweise eine neue MAC-Adresse und nach dem Hochfahren, war Windows nicht mehr aktiviert. Fest steht, dass durch den Export und Import die neue VM vermutlich für die neue "Virtualization Station" kompatibel bzw. passend gemacht wird und dadurch das Backup wieder passt.
Somit erwarte ich von QNAP einen Fix zur Lösung der betroffenen Situation. Wenn die Backups vorher funktionierten, dann liegt es auf der Hand, dass ein Update der Firmware oder der App "Virutalization Station" den Fehler verursacht hat.