Ich würde dann das ganze per Free File Sync in Abständen hochschicken wollen
Hm also warum nicht gleich ein Tool benutzen, dass dir alles auf einmal abnimmt?
Qnap onboard Mittel
Die QNAP eigenen Sicherungstools sind meiner Erfahrung nach problematisch. ich würde davon abraten.
Der Cloud-Storage Anbieter verschlüsselt nicht
Man sollte ohnehin immer client seitig (vor dem upload) verschlüsseln dann kann dir recht egal sein was der Coud Anbieter so treibt.
Muss ich überhaupt verschlüsseln
Wenn du bereits auf verschlüsselte Daten schaust und auch nur die verschlüsselten Daten hochlädst, dann nicht. Wenn du aber auf die Klartext Daten schaust und die hochladen möchtest dann schon.
Meine Empfehlung wäre mal Richtung duplicacy zu schauen. Das gibt es als kostenlose CLI Version und als Kostenpflichtige WebGUI.
Das lädt die Dateien zu vielen Cloud Anbietern hoch, komprimiert vorher und kann auch verschlüsseln.
Das sollte auch auf deinem Gerät laufen.