So, ich denke, ich habe die Ursache für unser Problem gefunden.
Ich vermute, dass wenn auf dem NAS IPV6 aktiviert ist, die domains auch darüber erreichbar sein müssen. Für die *.myqnapcloud.com domains scheint dies auch der Fall zu sein. Meine (sub-) domains hatte aber keinen AAAA Eintrag für IPV6 sondern nur CNAME Einträge.
Leider habe ich mich noch nicht eindringlich mit dem Thema IPV6 auseinander gesetzt, was ich wohl demnächst nachholen muss.
Jedenfalls war mein letztlich erfolgreicher Workaround das Abschalten der IPV6 Unterstützung auf dem NAS. Danach konnte ich wieder erfolgreich SSL Zertifikate für meine Domains von letsencrypt beziehen.
Grüße,
Andreas