Um das Problem einzukreisen muss man den Mechanismus hinter der Synchronisierung verstehen...
Ob sich etwas zwischen Quelle und Ziel geändert hat wird auf ganz unterschiedliche Art und Weise festgestellt. Angefangen vom (Änderungs-)Datum, Dateigröße bis hin zu einem Hashwert der Datei. Wobei nur letzteres sehr genau ist leider aber sehr lange dauert bei größeren Datenmengen.
Dann kommt es natürlich noch auf den Partitionstyp der Sicherungsplatte an, mit NTFS oder FAT lassen sich nicht alle Dateiattribute bzw. bei EXT sogar u U. nicht mal alle Dateien übernehmen.
Mein Tipp:
Einfach mal anfangen und das Dateidatum einzelner Dateien der Sicherung mit dem der Originalplatte vergleichen. Gibt es da Unterschiede wurde das Dateidatum nicht übernommen und das Backup läuft daher immer komplett.
Das kann entweder durch eine komplette Neueinrichtung des Backups (eigentlich ein absolutes No Go für ein NAS System) oder durch ein Ändern des Partitionstyps (z.b. auf NTFS oder besser EXT) behoben werden.