Und jetzt das große Erstaunen: waren Sie nicht. Es gab einige Dateien, die nur im ersten Zielodner waren, und einige andere, die nur im zweiten Ordner waren!
Wie gesagt: dieselbe Quelle, unterschiedliche Intervalle.
Beim "guten altem SM" gab/gibt es die Option "optimistic locking" (oder so ähnlich), damit sollte verhindert werden, dass das System gerade eine Datei verändern (und damit sperren) kann, wenn sie im Backup-Job drann ist.
Ich vermute mal (ohne dein NAS analysieren zu können) dass die Unterschiede durch jeweilige Zugriffe des Filesystems (Virenscanner, Useraktion, ...) zu erklären sind. Mal wird die eine Datei gesperrt (und damit nicht gesichert) mal eine andere ...
Sollte aber im nächstem Durchlauf wieder dabei sein, außer du hast das Pech, dass so eine Datei permanent zum Joblauf durch andere Dienste belegt ist.