die frage "komme ich ins bios ohne onboard graka" ist soweit geklärt. es geht.
jedoch werden die mögl. das das NAS zb. HDMI beliefern kann nicht mehr möglich sein, klar wie auch.
//edit:
ich habe mich nun entschieden, anstatt dem XEON einen i7 4790 einzubauen, was auch eben
getan wurde: Ausbauen er alten CPU (i3 4150), einbauen des i7, einfach booten fertig. bisschen fummelig das ganze, aber machbar. kein blick ins bios nötig.
Resultat:
CPU IDLE temps nun ca. 3-4grad unter der originalen CPU, im IDLE braucht das ganze jetzt ca. 2watt WENIGER im vergleich zu vorher. wenn ich alle kerne (4+4) voll belaste, sind +60grad angesagt.
das NT kanns gut ab, die spannungen 12/+5 -5 / 3.3 schwanken dabei kaum.
Performance:
durch die +100mhz +1mb cache der kerne was in der summe etwa ~15% mehrleistung ausmacht,
ist das ganze subjektiv spürbar. alles spricht schneller an. inbesondere VM's die auch der hauptgrund waren. auch wenn nun mehrere VM's (hier sinnvoll max 3stk.) unter etwas oder auch stärker unter last stehen, ist das nun kein problem mehr. die CPU ist nie wirklich am limit, hat immer reserven was sich in den temperaturen wiederspiegelt.
fazit:
100€ für die gebrauchte i7 4790, ich hoffe das ich ca. 40€ für den i3 4150 bekommen kann.
für die +60€ und etwas zeit/arbeit ist das ein klasse deal. man glaubt garnicht was in dem kleinen
4bay NAS nun für eine power steckt 
einziger Wermutstropfen:
das ram mit max.16gb. ich glaube nachdem ich mir mehrere threads in anderen QNAP foren durchgelesen habe, das das OS die 16gb riegel zwar erkennt und auch korrekt anzeigt, aber den speicher nicht zur verfügung stellt. ich denke das ist gewollt. chipset MB / CPU können bis 32gb...
so ist die anzahl von sinvollen (windows) VM's auf 2-3 begrenzt. diese jedoch mit power.