Da ich für die Bedienung des NAS von außen andere als die Standard-Ports (443) benutzen möchte, klappt das leider nicht so einfach.
Ich hatte auch probiert sowohl den Port 443 als auch 80 auf das NAS per Portweiterleitung zu nutzen, es funktionierte aber nicht, warum auch immer.
Mit der neuen Fritz!Box Firmware hat sich das Problem aber wahrscheinlich sowieso erledigt, da die auch direkt Let's Encrypt unterstützen soll. Dann kann ich das Zertifikat dort exportieren und in das QNAP importieren und fertig.